À fin septembre 2016, 302 foyers de la bactérie Xylella fastidiosa (Liste A1 de l’OEPP) ont été signalés en France : 287 en Corse et 15 dans le sud du continent (Alpes-Maritimes et Var). Depuis sa première détection en juillet 2015, 8 500 échantillons corses ont été analysés, dont 8 % positifs. Tous provenaient de plantes ornementales, principalement Polygala myrtifolia (64 %), mais aussi des cultivars d’orangers (Citrus sinensis).
Sur le continent, 1 500 échantillons ont été prélevés, 3 % étant positifs, sur Polygala myrtifolia, Spartium junceum (genêt d’Espagne) et Lavandula angustifolia (lavande vraie). Des analyses moléculaires par l’INRA et l’ANSES ont identifié majoritairement X. fastidiosa subsp. multiplex, non pathogène pour les oliviers. Un isolat subsp. pauca à Menton n’a pas été retrouvé en 2016.