À fin septembre 2016, 302 foyers de la bactérie Xylella fastidiosa (Liste A1 de l’Office européen et méditerranéen de la Protection des plantes ou OEPP) avaient été signalés en France : 287 en Corse et 15 dans le sud de la France (départements des Alpes-Maritimes et du Var). Depuis la première détection de la bactérie en juillet 2015, 8 500 échantillons provenant de Corse ont été testés parmi lesquels 8 % se sont avérés positifs. Tous les échantillons positifs ont été collectés sur des plantes ornementales, la majorité (64%) sur Polygala myrtifolia (buisson de septembre, Polygalaceae), mais la bactérie attaque aussi tous les cultivars d’orangers (Citrus sinensis, Rutaceae).
En France continentale, 1 500 échantillons ont été prélevés, dont 3 % étaient positifs. La majorité des échantillons positifs ont aussi été collectés sur Polygala myrtifolia, mais également sur Spartium junceum (genêt d’Espagne, Fabaceae) et Lavandula angustifolia (lavande vraie, Lamiaceae). Des études moléculaires poussées ont été conduites par l’INRA et l’ANSES sur les échantillons positifs prélevés en 2015. Les résultats ont montré que la plupart des isolats appartenaient à Xylella. fastidiosa subsp. multiplex qui ne semble pas pathogène pour les oliviers, à l’exception d’un foyer isolé à Menton (Alpes-Maritimes), pour lequel X. fastidiosa subsp. pauca connu pour faire des ravages dans les plantations d’agrumes et de café en Amérique du Sud, a été identifié. Après des prospections supplémentaires menées en 2016 à Menton, X. fastidiosa subsp. pauca n’a pas été détectée.
